Управляющей компанией ЗАО «ТЭП «Желдорэкспедиция» является научно-производственный холдинг «Стратег» (Современные транспортные технологии государства).

Во главе ЗАО «ТЭП «Желдорэкспедиция» стоит вице-президент холдинга «Стратег» Тушин Н.А.

ЗАО «ТЭП «Желдорэкспедиция» имеет дивизиональную структуру, построенную по принципу функционального деления подразделений:

• Транспортно-экспедиционный дивизион работает в сфере грузовых перевозок
  • Головной офис в г.Екатеринбург
  • Представительство в г.Пермь
  • Представительство в г.Нижний Тагил
  • Представительство в г.Тюмень
  • Представительство в г.Березники
  • Представительство в г.Серов
  • Представительство в г.Ирбит
  • Представительство в г.Алапаевск
  • Представительство на станции Шарташ
  • Представительство на станции Аппаратная
  • Представительство на станции Егоршино
  • Представительство на станции Варгаши
    
  • Дополнительный офис в Екатеринубрге (Челюскинцев)
• Пассажирская дирекция «СВ» занимается обслуживанием пассажиров в поездах дальнего следования
  
  • Головной офис в г.Екатеринбург
  • Представительство в г.Тюмень
  • Представительство в г.Нижний Тагил
    
  • Представительство в г.Серов
• Погрузочно-разгрузочный участок – терминальные услуги по площадке на станции Шарташ
• Механизированный участок – механизированные работы силами погрузо-разгрузочной спецтехники